Shin'ichi Kudou ist 17 Jahre alt und wird jetzt schon als \"moderner Sherlock Holmes\" bezeichnet. Nach einem Date mit seiner Freundin Ran Mouri kommt er einem illegalen Deal auf die Spur, vernachlässigt dabei aber seine Deckung und wird niedergeschlagen. Ihm wird ein Gift verabreicht, das ihn töten soll. Das Gift bringt ihn jedoch nicht um, sondern verwandelt ihn in ein Kind. Von nun an nennt sich Shin'ichi selbst Edogawa Conan. Schnell muss er jedoch feststellen, dass das Leben als sechsjähriger Meisterdetektiv nicht so einfach ist - vor allem, wenn man der wahrscheinlich größten Verbrecherbande der Welt auf der Spur ist: Den Männern in Schwarz.